Globalement il s'agit d'une zoonose, avec des variations selon le niveau d'immunocompétence de l'homme, et selon l'espèce de Cryptosporidium (dont certaines ne sont pas retrouvées chez l'homme, comme le C. bovis).
Cryptosporidium meleagridis touche les dindons et les êtres humains immunocompétents et immunodéprimés.
Cryptosporidium meleagridis, C. baileyi touchent les volailles (Poulet, dinde, caille)
Cryptosporidium molnari touche les jeunes dorades.