Les espèces et les productions animales définissent les filières d'élevage et de production, depuis l'éleveur jusqu'au consommateur (filière lait...).
La santé animale est un facteur important pour les filières d'élevage : la santé du troupeau conditionne le bien-être des animaux, l'équilibre économique de l'élevage, voire la santé de l'homme, éleveur ou consommateur.
En effet, si certaines pathologies sont spécifiques de l'animal (fièvre catarrhale ovine) et provoquent des pertes économiques importantes, d'autres sont communes à l'homme et à l'animal (rage, encéphalite West Nile, listériose?).
Certaines pathologies (rares) sont propres à l'homme (syndrome hémolytique et urémique), l'animal étant porteur apparemment sain de l'agent pathogène (microbe) responsable (Escherichia coli O157:H7). Inversement l'homme peut aussi contaminer l'animal (tuberculose). Toutes ces maladies sont qualifiées de zoonoses. La transmission à l'homme peut intervenir par contact, par l'intermédiaire d'arthropodes vecteurs (insectes) ou par des aliments contaminés (lait cru, viande hachée?).
C'est pourquoi la santé publique vétérinaire couvre les champs d'intervention relatifs à la santé et à la protection des animaux, la sécurité sanitaire des aliments et la préservation de l'environnement pour contribuer à la protection et à l'amélioration de la santé de l'homme.